Родился в 1920 году в семье армянского рабочего в селе Мартунашен. После окончания в 1939 году в Кировабаде средней школы призван в армию, в 1943 году окончил танковое училище. В сентябре того же года участвовал в освобождении Украины, проявил отвагу в боях за города Шепетовка, Тернополь. В 1944 году принят в члены ВКП(б).

В битвах с немецкими войсками особо отличился при освобождении Польши. Так, 16 января 1945 года, находясь в разведке, на танке ворвался в село Ивановице (севернее города Краков, Польша), раздавил гусеницами 2 орудия и ещё 2 поразил артиллерийским огнём. Несмотря на численный перевес противника, решительно вёл бой с врагом и уничтожил ещё 3 самоходные артиллерийские установки и десятки гитлеровцев. Погиб в бою.

Указом Президиума Верховного Совета СССР от 27 июня 1945 года «за образцовое выполнение заданий командования и проявленные мужество и героизм в боях с немецко-фашистскими захватчиками» гвардии старшему лейтенанту Захаряну Вагинаку Семеновичу присвоено звание Героя Советского Союза посмертно.