С 1941 по 1944 годы командовал разведгруппой в партизанском отряде на территории Белорусской ССР, участвовал во многих боевых операциях. Был заместителем командира по разведке и контрразведке бригады им. Щорса. В 1942-1943 годах разведгруппой под командованием Заварыкина В.Я. были добыты фотокарточки некоторых агентов немецкой борисовской шпионской школы, которые представляли большой интерес для Центра. Некоторые агенты были опознаны и разоблачены в партизанских отрядах. Представление о борисовской разведшколе можно иметь по фильмам «Путь в Сатурн» и «Конец Сатурна».

Принимал непосредственное участие в уничтожении группы террористов-разведчиков под руководством Забелининой… Группа имела задание немецкой разведки об отравлении личного состава бригады им. Щорса сильнодействующим отравляющим веществом…Шпионы были своевременно схвачены и обезврежены.В 1944 г. он вновь был заброшен в тыл врага в качестве командира спецгруппы НКГБ БССР «Охотники». Действовала она на территории Березинского. Борисовского,Смолевичского и Червенского районов Минской области до соединения с частями Красной Армии в июле 1944 года. 3 января 1976 года, Заварыкин Василий Яковлевич скончался, в возрасте 59 лет.