С Июня 1941 года на фронтах Великой Отечественной войны. Прошёл путь от рядового лётчика до командира эскадрильи. До Декабря 1943 года сражался в составе 159-го ИАП. Летал на МиГ-3, "Киттихаук" и Ла-5. Затем, до конца войны воевал в 14-м Гвардейском ИАП, летал на Як-9. Защищал Ленинград. Участвовал в освобождении Эстонии и Латвии.

К Октябрю 1943 года заместитель командира эскадрильи 159-го истребительного авиационного полка  (275-я истребительная авиационная дивизия, 13-я Воздушная армия, Ленинградский фронт)  Старший лейтенант Виктор Алексеевич Зотов совершил 336 боевых вылетов. Проведя 87 воздушных боёв, сбил 17 самолётов противника лично и 10 в группе с товарищами. Уничтожил большое количество живой силы и техники противника.

4 Февраля 1944 года за мужество и воинскую доблесть, проявленные в боях с врагами, удостоен звания Героя Советского Союза.