В начале войны, в сентябре 1941 года, будучи курсантом Высшего Военно-Морского училища им. Дзержинского защищал Ленинград на корабле военно-морского флота, который был потоплен немецкой авиацией. Погибло более 2-х тысяч человек. Сергей Васильевич, был одним из тех, кто выжил. В 1942 году был награжден медалью за оборону Ленинграда. Затем был переведен на Кавказ, участвовал в боях. Получил медаль за «Боевые Заслуги», получил орден боевой «Красной Звезды», а в мае 1944 года был награжден медалью «За Оборону Кавказа».

В 1945 году был откомандирован в Ленинград. Награжден медалью « За Победу над Германией в войне 1941-1945». Награжден орденом «Отечественной Войны».

В 1946 году закончил Высшее Военно-Морское училище, получил звание инженер-лейтенант. Далее проходил службу на подводной лодке Балтийского Флота.

В 1954 году в звании инженер-капитан-лейтенант окончил Военно-Морскую Академию Кораблестроения и Вооружения им. А.Н.Крылова.   За годы войны и  службы на флоте был награжден 25 медалями СССР и РФ и орденом «Знак Почета». В 1977 году, инженеру-капитану 1 ранга, Зыбину Сергею Васильевичу присуждена Государственная Премия СССР. Инженер-капитан 1ранга, Зыбин Сергей Васильевич, служил в рядах ВМФ РФ до конца своей жизни. Умер 03.07.2002 года.