5 июля 1941 года был призван в Армию. В команде сибиряков-лыжников принял участие в обороне Москвы. Был ранен. После госпиталя окончил курсы младшего командирского состава.

Как командир миномётной батареи, в 1943 году,  принял участие в тяжелых боях под городом Курском («Орловско-Курская дуга»). Получил тяжелое ранение. Солдаты, которыми он командовал, вынесли его, раненого,  с поля боя.

Участвовал в боях за освобождение города Варшавы , в штурме города Берлина.

Штурмовал Рейхстаг в составе легендарного батальона под командованием капитана Неустроева. Служил вместе с  Егоровым и Кантария, которые водрузили Знамя Победы над Рейхстагом 30 апреля 1945 года. Расписался на стенах Рейхстага.

Выписка из наградного листа: «… в боях за Померанию, поддерживая наступательные действия пехоты и участвуя в отражениях многочисленных контратак противника, товарищ Кузьмин миномётным огнём истребил или вывел из строя более 150 немецких солдат и офицеров, подавил огнём 12 пулемётных точек, вывел из строя 2 транспортёра…»

За этот подвиг старший лейтенант Кузьмин получил Орден Красной Звезды.

Михаил Афанасьевич награждён многими правительственными наградами, в том числе боевыми: Орденом Красной Звезды, медалями «За освобождение Варшавы», «За взятие Берлина», «За Победу над Германией»

Демобилизовался 15 января 1947 года в звании капитана Советской Армии.