В 1936г. окончил среднюю школу.

С августа 1936г. курсант 3-й военной школы летчиков и летчиков-наблюдателей им.Ворошилова (г.Оренбург).

В июне 1938г. школа преобразована в военное авиационное училище им.Ворошилова. В декабре 1938г. город Оренбург переименован в Чкалов.

В феврале 1939г. из училища выделено 1 Чкаловское военное авиационное училище летчиков.

23 декабря 1939г., согласно приказу 05073, выпускникам училища были присвоены звания лейтенант. Группа выпускников была направлена в распоряжение командования ВВС Забайкальского военного округа.

Сергей Васильевич вместе с сокурсником лейтенантом Масловым Василием Андреевичем был направлен в состав 150 скоростного бомбардировочного авиаполка Забайкальского военного округа.

С 09 июля из ночных эскадрилий трех авиаполков (32, 38, 150), входивших в состав 28 авиадивизии, начал формироваться 150 скоростной (ночной) бомбардировочный авиаполк. Командиром полка был назначен майор Полбин Иван Семенович.

16 июля 1941г. полк прибыл на аэродром Ржев и вошел в состав 46 авиадивизии. В тот же день пол одним звеном (3 самолета) бомбардировал танки противника у с.Березнево (в 65км. севернее Смоленска).

17 июля полк произвел 17 самолетовылетов.

К 25 июля 1941г. лейтенант Щербаков совершил 11 боевых вылетов. Был представлен к ордену Красного Знамени. Приказ о награждении от 02 ноября 1941г.

24 августа 1941г. 9 экипажей полка, ведомые майором Полбиным, в 15-40 вылетели на бомбардировку войск противника в районе Пески. После вылета девятка взяла курс на аэродром Селы, где к ней присоединились истребители сопровождения. Над целью истребители завязали бой с немецкими истребителями. Бомбардировщики, сбросив бомбы на вражеские позиции, заметили колонну танков и автомашин, двигавшуюся по дороге от Жигалово на станцию Назимово. Экипажи начали штурмовку колонны, расстреливая ее из пушек и пулеметов, сделав 3 захода. Два вражеских истребителя, вышедших из боя с нашими истребителями, подошли к бомбардировщикам и подожгли самолеты экипажей лейтенанта Щербакова Сергея Васильевича (стрелок-бомбардир сержант Частов Василий Иванович, воздушный стрелок-радист сержант Журкин Иван Никитич) и младшего лейтенанта Лебедева Георгия Ивановича (стрелок-бомбардир старший лейтенант Новицкий Константин Игнатьевич, воздушный стрелок-радист Жаглов Кирилл Евсеевич).

В этот же день с задания не возвратился экипаж лейтенанта Маслова.

Лейтенант Щербаков был похоронен в д.Пески. Перезахоронен в братской могиле в пос.Кунья, Псковская обл.