Служил в 6 легком (скоростном) бомбардировочном авиаполку.

12 сентября 1941г. в г.Новочеркасск при 18 запасном авиаполку был сформирован 40 пикирующий (скоростной) бомбардировочный авиаполк. Командир полка майор Бабанов Анатолий Александрович. На формирование прибыла в полном составе эскадрилья из 6 скоростного бомбардировочного авиаполка (2-я авиаэскадрилья (АЭ) командир эскадрильи капитан Шикторов Петр Сергеевич).

25 сентября полк закончил формирование и был переименован в 511 скоростной бомбардировочный авиаполк.  На вооружении полк имел самолеты Пе-3.

Полк участвовал в обороне столицы, штурмовал войска противника в районах Клин и Рогачев.

Указом Президиума ВС СССР от 24 февраля 1942г. механик авиационный Попов был награжден медалью «За боевые заслуги».

Награжден медалью «За оборону Москвы».

Весной 1943г. полк преобразован в 511 отдельный разведывательный авиаполк, на вооружении- самолеты Пе-2.

24 февраля 1944г. самолет Пе-2 был подбит и возвратился на аэродром на одном моторе. В течение ночи Геннадий Васильевич в составе бригады произвел замену мотора. К утру самолет был готов к боевым вылетам.

В марте 1944г. командование полком принял подполковник Берман Семен Давидович.

За годы войны механик авиационный Попов подготовил самолеты к 278 боевым вылетам на разведку. Участвовал в восстановлении 7 самолетов, замене 12 моторов, эвакуации 3 самолетов с мест вынужденных посадок.

Приказом от 25 апреля 1945г. техник-лейтенант Попов был награжден орденом Красной Звезды.

Награжден медалями «За взятие Будапешта», «За взятие Вены», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».

За долголетнюю и безупречную службу в 1946г. был награжден медалью «За боевые заслуги», в 1950г.- орденом Красной Звезды, в 1956г.- орденом Красного Знамени.

Майор Попов вышел в отставку 08 августа 1958г.

В честь 40-летия Победы награжден орденом Отечественной войны II степени.