Служил в 6 легком (скоростном) бомбардировочном авиаполку.

12 сентября 1941г. в г.Новочеркасск при 18 запасном авиаполку был сформирован 40 пикирующий (скоростной) бомбардировочный авиаполк. Командир полка майор Бабанов Анатолий Александрович. На формирование прибыла в полном составе эскадрилья из 6 скоростного бомбардировочного авиаполка (2-я авиаэскадрилья (АЭ) командир эскадрильи капитан Шикторов Петр Сергеевич).

25 сентября полк закончил формирование и был переименован в 511 скоростной бомбардировочный авиаполк.  На вооружении полк имел самолеты Пе-3.

Полк участвовал в обороне столицы, штурмовал войска противника в районах Клин и Рогачев.

Адъютант авиаэскадрильи капитан Шимко в марте 1942г. был представлен к ордену Красной Звезды, приказом от 11 апреля 1942г. был награжден медалью «За боевые заслуги».

Награжден медалью «За оборону Москвы».

В 1943г. полк участвовал в операциях на Белгородском и Харьковском направлениях. 

В марте 1944г. командование полком принял подполковник Берман Семен Давидович.

Летом 1944г. полк принимал участие в Ясско-Кишиневской операции.

Приказом от 05 июня 1944г. капитан Шимко был награжден орденом Красной Звезды.

За долголетнюю и безупречную службу в ноябре 1944г. был награжден медалью «За боевые заслуги».

В 1945г. полк дислоцировался на территории Венгрии.

За годы войны эскадрилья, в которой служил Сергей Васильевич, совершила 875 успешных боевых вылетов на дальнюю и ближнюю разведку. В мае 1945г. капитан Шимко был представлен к ордену Отечественной войны I степени.

Приказом от 16 августа 1944г. награжден орденом Отечественной войны II степени

Награжден медалями «За взятие Будапешта», «За взятие Вены», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».

За долголетнюю и безупречную службу в 1947г. был награжден орденом Красной Звезды, в 1951г.- орденом Красного Знамени, а 1954г.- орденом Ленина.

Подполковник Шимко вышел в отставку 10 декабря 1955г.

В честь 40-летия Победы награжден орденом Отечественной войны II степени.