С ноября 1941г. пилот 590 истребительного авиаполка. Командир полка майор Телегин Федор Михайлович. 

Полк базировался на аэродроме Злодейский. Имел на вооружении самолеты И-15 , И-153, И-16.

13 ноября 1941г. сержант Якушев в 07-55 вылетел в составе группы из 9 самолетов И-15 и 2 И-16 (ведущий группы старший лейтенант Бочаров Никита Максимович). Группа атаковала войска противника в районе Волошино. Над целью группа была обстреляна зенитными пулеметами. Самолет сержанта Якушева был подбит и произвел вынужденную посадку в 4-5км. севернее Грушевская.

17 ноября 1943г., вылетев в 14-00 с аэродрома Злодейский, группа из 7 самолетов И-15 и 2 И-16 (ведущий- лейтенант Семенов Борис Николаевич), атаковала войска противника в районе Кирбитово. На обратном пути на высоте 400м. вступили в бой с 9 истребителями Ме-109 Мессершмитт).

20 ноября 1941г. прикрывал группу самолетов И-15 и штурмовал позиции противника в районе совхоза Овощной.

26 ноября 1941г. в составе группы из 7 И-15 (ведущий- капитан Бочаров Никита Максимович), атаковал противника у Раковки. 

30 ноября 1941г. в 11-00 вылетел в составе группы капитана Бочарова. Группа атаковала колонну противника на дороге Недвиговка- Синявка. Над целью группа была обстреляна зенитными пулеметами.  С боевого задания не вернулись два самолета И-15, пилотируемые сержантом Якушевым Анатолием Федоровичем и сержантом Федоренко Александром Ивановичем, и самолет И-16 сержанта Коротыч. Пилот Якушев вернулся в полк в 15-00 того же дня.

06 декабря 1941г. в 07-20 вылетел в составе группы капитана Бочарова. На обратном маршруте сержант Якушев, потеряв ориентировку, совершил вынужденную посадку на аэродроме Койсуг.

08 декабря 1941г. в 10-20 вылетел в составе группы лейтенанта Семенова Бориса Николаевича. Группа атаковала пехоту противника в районе Курган Армянский. В районе Самбек группу атаковали 8 истребителей Ме-109. После воздушного боя на свой аэродром не возвратился самолет И-15, пилотируемый сержантом Якушевым- был подбит и произвел вынужденную посадку восточнее Самбек. Анатолий Федорович получил контузионный невроз. 

После продолжительного лечения вернулся в полк.

20 апреля 1942г. произвел боевой вылет в составе группы старшего лейтенанта Багрова Якова Семеновича.

21 апреля 1942г.- в составе группы старшего лейтенанта Шевцова Александра Яковлевича.

28 мая 1942г. вылетел в составе группы из 9 И-15 и одного И-153. В районе Бусаевка самолеты И-15, пилотируемые лейтенантом Макушевым Анатолием Кузьмичом и старшим сержантом Якушевым, были атакованы парой Ме-115. Якушев, наблюдая за истребителем, заходящим на атаку Макушева, не заметил второй истребитель, заходящий ему в хвост. Развернувшись влево, Якушев открыл огонь, при этом преследовавший его «мессер» открыл огонь и повредил рули управления. Неуправляемый самолет стал терять высоту. При попытке посадить его, скапотировал. Анатолий Федорович получил легкие ушибы.

К 31 мая 1942г. старшина Якушев совершил 30 боевых вылетов.

Был представлен к ордену Красной Звезды, приказ о награждении от 09 сентября 1942г.

13 июня 1942г. группа из 5 самолетов И-15 Бис и одного «Чайка» (ведущий- штурман полка старший лейтенант Семенов Борис Николаевич) обнаружила на Беглицкой косе и пункта Ломакин скопление автомашин противника, которые атаковала. За два захода летчик Якушев выпустил по одному реактивному снаряду РС-82. Самолет Анатолия Федоровича был подбит огнем крупнокалиберных пулеметов. Самолет загорелся. Пилот сумел сбить пламя и в общей группе взял курс на аэродром Нахичевань-на-Дону. Посадка происходила в сумерках (в 20-30). При посадке на аэродром свалил самолет на правое колесо. Самолет скапотировал и загорелся. При этом Анатолий Федорович находился в бессознательном состоянии, очнулся от ожога рук, после чего покинул самолет.

Старшина Якушев получил ранение левого глаза и ожоги рук. Был эвакуирован в госпиталь на ул.Энгельса в Ростове-на-Дону.

Скончался от ожогов в госпитале 14 июня 1942г.