С конца 1940г. служил в составе 315 отдельного разведывательного авиаполка Киевского особого военного округа. 

Перед началом войны полк базировался в г.Житомир. 22 июня полк получил приказ о передислокации на аэродром Проскуров (Хмельницкий). Аэродром Проскуров об этом предупрежден не был. Приняв самолеты СБ за самолеты противника, истребители прикрытия атаковали их, выведя из строя 3 самолета. Экипажи не пострадали. С 23 июня полк приступил к разведывательным вылетам.

В июле полк проводил авиаразведку районов Житомир, Винница, Фастов, Белая Церковь

В сентябре 1941г. на базе полка при 15 отдельном разведывательном запасном авиаполку (г.Петровск) сформирована 215 отдельная разведывательная авиационная эскадрилья особого назначения (командир- капитан Берман Семен Давидович, комиссар- старший политрук Артемьев Борис Павлович. 

Эскадрилья вела разведку войск противника, наступающих на московском направлении. С декабря 1941г. базировалась на аэродроме Монино (Московская обл.).

04 декабря 1941г. вел разведку на участке Мценск- станция Горбачево.

24 декабря 1941г. из-за аварии мотора вернулся из района Серпухова и совершил успешную посадку на свой аэродром, чем спас самолет.

К концу 1941г. совершил 15 боевых вылетов на разведку, показав высокую технику пилотирования самолета Пе-3.

Указом Президиума ВС СССР от 24 февраля 1942г. лейтенант Ляпин был награжден орденом Красного Знамени.

Всего в составе эскадрильи совершил 20 успешных вылетов на разведку.

К ноябрю 1943г. командир звена 81 гвардейского бомбардировочного авиаполка.

28 ноября 1943г. при отходе от цели- железнодорожного узла Знаменка, был атакован парой истребителей противника экипаж самолета Пе-2: летчик гвардии старший лейтенант Ляпин Петр Егорович, штурман звена гвардии лейтенант Кащенко Павел Иванович и воздушный стрелок-радист гвардии старший сержант Дубровский Владимир Иванович. Экипаж числился пропавшим без вести. 

В воздушном бою самолет был подожжен. Петр Егорович, пытался дотянуть до линии фронта. Когда самолет стал терять управление, летчик, умело планируя, посадил самолет на вражеской территории. При посадке был выброшен из кабины, получил ранение головы и ушибы. Придя в сознание, Петр Егорович с экипажем стал пробираться на свою территорию. Несмотря на ранения и обморожение, через 6 дней экипаж пересек линию фронта и вернулся в свою часть. 

К концу августа 1944г. гвардии старший лейтенант Ляпин совершил 64 успешных боевых вылета на бомбардировку войск противника. Был представлен к ордену Красного Знамени, приказом от 27 сентября 1944г. был награжден орденом Отечественной войны I степени.

24 января 1945г. в составе группы бомбардировал железнодорожную станцию Крулевска Гута.

19 февраля 1945г.- станцию Бенау.

03 марта 1945г. был представлен к ордену Красного Знамени, приказ о награждении от 01 апреля 1945г.

В апреле участвовал в Берлинской операции.

За годы войны произвел 148 успешных боевых вылетов.

Приказом от 14 мая 1945г. был награжден орденом Красной Звезды.

Награжден медалями «За взятие Берлина», «За освобождение Праги», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».

Гвардии старший лейтенант Ляпин был уволен в запас 26 февраля 1948г.

В честь 40-летия Победы награжден орденом Отечественной войны II степени.