К декабрю 1941г. служил в составе 215 отдельной разведывательной авиационной эскадрильи особого назначения (сформирована в сентябре 1941г., командир капитан Берман Семен Давидович, комиссар- старший политрук Артемьев Борис Павлович.

26 апреля 1942г. эскадрилья обращена на формирование 4 дальнего разведывательного авиационного полка (командир- майор Берман Семен Давидович, военком- батальонный комиссар Артемьев Борис Павлович). На вооружении полк имел самолеты Пе-2, Пе-3, впоследствии,  американские самолеты «Аэрокобра».

К ноябрю 1943г. Михаил Иванович в составе 1 гвардейского смешанного авиакорпуса.

В ноябре-декабре 1943г. был представителем от авиации в передовых наземных частях, координируя  взаимодействие родов войск.

В мае-июне 1944г. был начальником штаба разведывательной эскадрильи корпуса. Произвел один боевой вылет.

К августу 1944г. помощник по разведывательной части начальника оперативно-разведывательного отделения 6 гвардейской штурмовой авиадивизии.

Гвардии капитан Рубайло был представлен к ордену Отечественной войны II степени, приказом от 05 октября 1944г. награжден орденом Красной Звезды.

За долголетнюю и безупречную службу в ноябре 1944г. награжден вторым орденом Красной Звезды.

Награжден медалями «За взятие Берлина», «За освобождение Праги», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».

Гвардии капитан Рубайло был уволен в запас 18 августа 1947г.

В честь 40-летия Победы награжден орденом Отечественной войны II степени.