Призван по мобилизации из запаса.

Направлен в 215 отдельной разведывательной авиационной эскадрильи особого назначения (сформирована в сентябре 1941г., командир капитан Берман Семен Давидович, комиссар- старший политрук Артемьев Борис Павлович.

26 апреля 1942г. эскадрилья обращена на формирование 4 дальнего разведывательного авиационного полка (командир- майор Берман Семен Давидович, военком- батальонный комиссар Артемьев Борис Павлович). На вооружении полк имел самолеты Пе-2, Пе-3, впоследствии,  американские самолеты «Аэрокобра».

Алексей Ермолаевич- фотолаборант старший.

Участвовал в обработке материалов фоторазведки экипажей, работавших в полосе действия Степного фронта.

Старший сержант Зубков был награжден медалью «За оборону Сталинграда».

В январе 1943г. командование полком принял подполковник Артемьев Борис Павлович.

В июне 1943г. полк был преобразован в 98 отдельный гвардейский разведывательный авиаполк. 

Алексей Ермолаевич назначен исполняющим обязанности начальника фотолабораторной обработки.

К средине июня 1944г. под его руководством было обработано 3800 боевых аэрофотофильмов.

Приказом от 21 июля 1944г. гвардии старшина Зубков был награжден орденом Красной Звезды.

Награжден медалями «За оборону Москвы», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».