С сентября 1941г. в составе 63 отдельной разведывательной роты (ОРР) 33 стрелковой дивизии.

Неоднократно ходил в разведку в период оборонительных действий дивизии в районе оз.Селигер и при наступлении на г.Холм.

17 июня 1942г. разведгруппа дивизии, действуя в тылу противника в 12км восточнее г.Локня, уничтожила несколько солдат противника и захватила пленного из 9 легкой транспортной колонны 218 пехотной дивизии.

04 июля 1942г. разведгруппа дивизии под командованием капитана Григорьева Григория Карповича (командир истребительного отряда) и ст.лейтенанта Аврамова Бориса Михайловича (отдельная разведрота) в составе 70 человек разведчиков и истребителей вышла в глубокий тыл противника в район станции Локня. 09 июля 1942г. отряд зашел в тыл противника, уничтожил обоз с боеприпасами, конный взвод полиции, взорвал мост у д.Ямы, уничтожил до 76 солдат и офицеров противника, 3 взяли в плен. Отряд вернулся без потерь.

03 августа 1942г. в 12-00 разведгруппа из 170 человек (разведрота и истребительный отряд) под командованием капитана Бабанина Александра Афанасьевича (командир отденой разведроты) выступила в глубокий тыл противника. 07 августа отряд был окружен с трех сторон восточнее д.Ямы (Локнянский р-н). Разведчики, подпустив врага на близкое расстояние, открыли огонь. В бою уничтожено до 150 солдат и офицеров противника, захвачено 7 пленных, один перебежчик, освобождено 4 пленных красноармейца. Потери отряда- 2 человека убито. Отряд вырвался из окружения и вернулся с пленными и ценными документами.

Командир отделения разведчиков старший сержант Лизогуб был представлен к медалт «За отвагу», приказом от 13 сентября 1942г. награжден орденом Красной Звезды.

05 февраля 1943г. разведгруппа в количестве 40 человек под командованием старшины Ломоносова Анатолия Кузьмича выступила в тыл противника в район Иванково 1-е с задачей- захватить контрольного пленного. 10 февраля к 14-00 группа находилась в районе колхоза «Гоголево». 14 февраля в районе Иванково 1-е при захвате двух пленных из 10 батареи 218 артиллерийского полка погибли разведчики: Болтунов Сергей Павлович, Федоров Николай Яковлевич, ранения получили 8 разведчиков (среди легко раненых- старшина Ломоносов, командование группой принял на себя Степан Сергеевич, к тому времени- помощник командира взвода). 15 февраля к 10-00 разведгруппа сосредоточилась у острова Зеленый в 5км южнее озера Рдейское, боеприпасы и продовольствие были на исходе. 18 февраля группа находилась у оз.Зеленый, ожидая помощи. Скончались три тяжелораненых бойца- Бажев Геннадий Иванович, Огорельцев Михаил Емельянович, Хайдин Михаил Петрович. 20 февраля самолет У-2 доставил группе боеприпасы и продукты питания на 2 суток. К 13-00 разведгруппа капитана Аврамова вышла на соединение с группой старшины Ломоносова. В 18-00 разведотряд из двух разведгрупп выступил в обратный путь, имея 7 раненых. 22 февраля разведотряд к 09-00 вышел в район д.Гривка, ожидал подброски продовольствия, лыж и маскхалатов. В ночь на 23 февраля самолетом У-2 отряду доставлены боеприпасы и продукты питания. 26 февраля в 17-00  разведотряд с двумя пленными возвратился в расположение дивизии.

06 марта 1943г. Степан Сергеевич представлен к ордену Красной Звезды, приказом от 14 апреля 1943г. награжден медалью «За отвагу».

17 мая 1943г. в 05-00 разведгруппа 63 ОРР под командованием младшего лейтенанта Родионова Федора Ивановича  в количестве 13 человек выступила в тыл противника в район д.Иванково 1-е и д.Хворошино с задачей- захватить контрольного пленного. В ночь на 20 мая группа пересекла линию фронта. 26 мая разведчики устроили засаду на дороге Быки- Остров. По дороге двигался немецкий обоз, впереди которого в дозоре шли 3 немецких солдата. Командир группы принял решение- захватить дозор и обстрелять из пулемета обоз. В группу захвата входил старший сержант Лизогуб. Захватив в плен 2 солдат (принадлежали велороте 1 авианаземного полка), разведчики без потерь скрылись от врага. В ночь на 30 мая группа, найдя проход, перешла линию фронта и вырнулась в часть. 28 мая решением Военного совета 22 армии разведгруппа в полном составе была представлена к наградам.

Степан Сергеевич награжден орденом Красного Знамени.

В ночь с 16 на 17 октября 1943г.разведгруппа проводила поиск в районе 600м. юго-восточнее д.Денево. Преодолев проволочные заграждения, разведчики приблизились к огневой точке противника, блокировали ее и захватили в плен ефрейтора 15 велороты 27 гренадерского полка Вилли Шпеера.

Приказом от 18 октября 1943г. старший сержант Лизогуб награжден орденом Отечественной войны II степени.

19 февраля 1944г. разведгруппа старшего лейтенанта Родионова воравалась в траншею противника в районе с.Осипово Село. В бою старший сержант Лизогуб уничтожил до 10 гитлеровцев, 1 взял в плен.

22 февраля представлен командиром 63 ОРР капитаном Писанка Павлом Григорьевичем к ордену Славы III степени, приказ о награждении от 28 февраля 1944г.

Был ранен.

Награжден медалью «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».

С 29 августа по 12 октября 1945г. старшина Лизогуб находился в составе 24 запасного стрелкового полка.

В честь 40-летия Победы награжден орденом Отечественной войны I степени.